Membro titular da Academia Nacional de Medicina desde 1886, foi eleito seu presidente em 1914 e reconduzido ao cargo até seu falecimento em 1934. Titular de três cátedras na Faculdade de Medicina do Rio de Janeiro. Foi eleito membro da Academia Brasileira de Letras em 1916.
Pesquisador na área de saúde pública, deixou extensa obra nesse setor. Desde 1927, presidente-honorário da Associação Brasileira de Educação. Na cerimônia em que lhe foi conferido o título, proferiu conferência cujo título se tornou um lema da associação na época: "No Brasil, só há um problema: a educação do povo". Deixou vasta obra, destacando-se: "Contribuição para o Estudo das Desordens Funcionais do Pneumogástrico na Influenza"; A Gangrena Gasosa Fulminante"; "Diagnóstico Precoce da Febre Amarela pelo Exame Espectroscópico da Urina" e "Lições de Clínica Médica".
Foi deputado na Assembleia Nacional Constituinte de 1934 eleito pelo Distrito Federal de então, a atual cidade do Rio de Janeiro. Defendeu o fim da Imigração japonesa no Brasil. O resultado foi a aprovação por larga maioria de uma emenda constitucional que estabelecia cotas de imigração sem fazer menção a raça ou nacionalidade e que proibia a concentração populacional de imigrantes. Segundo o texto constitucional, o Brasil só poderia receber, por ano, no máximo dois por cento do total de ingressantes da cada nacionalidade que havia sido recebida nos últimos cinquenta anos. A política de cotas não afetou a imigração de europeus mas prejudicou a imigração de japoneses e, futuramente, de chineses e de coreanos.
O seu nome batiza o Hospital Municipal Miguel Couto, na cidade do Rio de Janeiro, referência nacional em ortopedia e em traumatologia. Seu nome também foi homenageado através de um bairro de Belford Roxo, na Baixada Fluminense.
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