Era filho do comerciante Honório José Rodrigues e de Judith Pacheco Rodrigues. Fez os cursos ginasial e clássico no Externato Santo Antonio Maria Zacarias, Ginásio São Bento e Instituto Superior de Preparatórios. Ingressou na Faculdade de Direito da então Universidade do Brasil.
Quando estudante, escrevia para a revista A Época, da Faculdade de Direito. Formou-na turma de 1937. Pretendia ingressar na política, mas o Estado Novo sacrificou a sua geração nos seus rumos políticos. Já que não poderia fazer a História, José Honório Rodrigues resolveu escrever a História que outros fizeram.
Sempre fez questão de colocar a História em primeiro lugar. Aos 24 anos ganhava o 1o Prêmio de Erudição da Academia Brasileira de Letras com o livro Civilização holandesa no Brasil, prêmio que muito contribuiu para que continuasse a estudar a História, como o melhor instrumento de se buscar no passado explicações e soluções para problemas atuais.
Passou os anos de 1943-1914 nos Estados Unidos. Havia sido contemplado com uma bolsa de pesquisa da Fundação Rockefeller. Freqüentou cursos na Universidade de Colúmbia e fez pesquisas históricas.
No Brasil, começou a trabalhar no Instituto Nacional do Livro, passando a diretor da Divisão de Obras Raras e Publicações da Biblioteca Nacional (1946-1958) e diretor interino da mesma Biblioteca em várias ocasiões; diretor da Seção de Pesquisas do Instituto Rio Branco, do Ministério das Relações Exteriores (1948-1951); diretor do Arquivo Nacional do Rio de Janeiro (1958-1964), tendo promovido extensa reforma do seu serviço; secretário executivo do Instituto Brasileiro de Relações Internacionais (1964-1968) e editor da Revista Brasileira de Estados Internacionais.
Exerceu também o magistério, como professor de História do Brasil, História Diplomática do Brasil, História Econômica do Brasil e Historiografia Brasileira. De 1946 a 1956, foi professor do Instituto Rio Branco, do Ministério das Relações Exteriores; professor do Ensino Superior do Estado da Guanabara, de 1949 até aposentar-se; professor da Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro por vários anos; professor visitante em inúmeras universidades norte-americanas; professor de Pós-Graduação na Universidade Federal Fluminense e de Doutorado da Universidade Federal do Rio de Janeiro.
Colaborou no Programa de História da América, promovido pelo Instituto Pan-Americano de Geografia e História, com sede no México, de que resultaram três séries de publicações universitárias e um livro conjunto para o ensino de História da América. Participou dos debates de várias reuniões e sua colaboração está no livro Brasil. Período colonial (1953).
Foi conferencista em várias universidades brasileiras e norte-americanas e, de 1956 a 1964, na Escola Superior de Guerra, pela qual se graduara em 1955. José Honório costumava dizer que foi a partir daí que começou a perceber a importância da História na vida dos povos: "Esse despertar fez com que eu tentasse nas minhas obras seguintes encontrar sempre uma explicação em fato histórico passado para problemas da atualidade."
Sua bibliografia compreende mais de duas dezenas de livros, opúsculos, colaborações em livros coletivos, direção de obras, edições críticas e prefácios, sobretudo da obra de Capistrano de Abreu.
Dividiu a sua obra notadamente em três fases: "A primeira delas é a erudita, fechada; a outra é a da síntese interpretativa, e, finalmente, a que procuro alcançar agora [1969], que é um trabalho mais aprofundado que pretendo deixar para as gerações futuras."
Era membro do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro, de Institutos Históricos estaduais, da Sociedade Capistrano de Abreu, da Academia Portuguesa da História, da American Historical Association (EUA), da Royal Academy of History (Inglaterra) e da Sociedade Histórica de Utrech (Holanda).
Além do Prêmio de Erudição da Academia Brasileira de Letras (1937), recebeu o Prêmio Clio de Historiografia da Academia Paulista de Letras (1980), Prêmio de História do Instituto Nacional do Livro (1980) e a Medalha do Congresso Nacional (1980).
Era casado com a escritora Lêda Boechat Rodrigues, mulher amiga e companheira em todos os aspectos da vida, autora da História do Supremo Tribunal Federal.
