Era filho do coronel Isidoro Neves da Fontoura e Adalgisa Godoy da Fontoura. Fez os preparatórios no Ginásio de N. S. da Conceição em S. Leopoldo, RS. Bacharel em Ciências Jurídicas e Sociais pela Faculdade de Direito de Porto Alegre, foi Promotor Público de Porto Alegre durante um ano; prefeito de Cachoeira, de 1925 a 1928; deputado estadual, de 1921 a 1928, e vice-presidente do Estado do Rio Grande do Sul, eleito em 1927.
Deputado federal pelo mesmo Estado, de 1928 a 1930 e de 1935 a 1937. Dedicou-se durante algum tempo ao jornalismo, como redator de O Debate de Porto Alegre e do Rio Grande de Cachoeira. Fundou, em Porto Alegre, em 1907, a revista Pantum.
Como líder da representação riograndense em 1929, foi quem assinou com Francisco Campos o pacto Minas-Rio Grande, de que resultou a Aliança Liberal. Grande orador, foi líder parlamentar da Aliança Liberal na Câmara dos Deputados e um dos líderes da Revolução de 30. Os discursos dessa fase estão publicados em dois volumes, sob o título A jornada liberal.
Depois de 1930, recusando qualquer cargo político, passou a ocupar o posto de consultor jurídico do Banco do Brasil. Em 1940, fez parte da delegação do Brasil à Conferência de Havana e, na qualidade de embaixador em missão especial, representou o Brasil nas posses dos Presidentes de Panamá e Cuba.
Em 42, recebeu o agrément do Governo da França para ocupar o posto de embaixador do Brasil naquele país, tendo ficado a nomeação sem seguimento em consequência da ocupação da zona livre pelas tropas alemãs.
Embaixador do Brasil em Lisboa de 1943 a 1945. Ministro de Estado das Relações Exteriores, no ano de 1946, chefiou a Delegação do Brasil à Conferência de Paz, em Paris. Em 1948, foi o chefe da Delegação do Brasil à IX Conferência Interamericana, reunida em Bogotá. Coube-lhe proferir o discurso inaugural e propor, conseguindo resultados favoráveis, arbitragem obrigatória, uma das aspirações da política externa do Brasil.
Pela segunda vez João Neves da Fontoura foi nomeado Ministro das Relações Exteriores, empossando-se no cargo em 31 de janeiro de 1951 e exercendo a pasta até 19 de julho de 1953.
Em 1951, foi delegado do Brasil à IV Reunião de Consulta dos Ministros das Relações Exteriores das Repúblicas Americanas, reunida em Washington, na qual se discutiram os problemas da cooperação política, militar e econômica entre as referidas Repúblicas.
Ainda em 51, foi o chefe da Delegação do Brasil ao Congresso da União Latina, reunido no Rio de Janeiro, cabendo-lhe a presidência do certame. Em 52, chefiou a Delegação do Brasil à VII Assembleia Geral da Nações Unidas, em Nova York.
Retirado da vida política, voltou ao jornalismo, publicou dois volumes de memórias “Borges de Medeiros e seu tempo” e “A Aliança Liberal e a Revolução de 30”.
Recebeu o título de Doutor Honoris Causa pela Universidade de Columbia, dos Estados Unidos da América. Era membro da Academia Rio-Grandense de Letras, sócio correspondente da Academia das Ciências de Lisboa, da Academia de Letras do Uruguai e da Academia de la Lengua da Colômbia.
