Era filho de Cândido Nanzianzeno Nogueira da Mota e de Clara do Amaral Mota. Seu pai foi advogado e professor de Direito Penal na Faculdade de Direito de São Paulo, deputado, senador e Secretário de Estado dos Negócios da Agricultura do Estado de São Paulo.
Fez seus estudos primários na Escola-Modelo Caetano de Campos e no Grupo Escolar do Arouche e o secundário, no Colégio Santo Inácio, no Rio, e Ginásio Nogueira da Gama, em São Paulo. Ingressou na Faculdade de Direito de São Paulo onde, em 1919, após um curso brilhante, colou grau de bacharel em Ciências Jurídicas e Sociais, dedicando-se à advocacia, ao jornalismo, à política e ao magistério.
Iniciou sua vida jornalística no Correio Paulistano, como encarregado da coluna judiciária e da página literária. Colaborou no Comércio de São Paulo e, com o pseudônimo de Paulo Queiroga, figurou nas crônicas diárias do São Paulo Jornal, do qual foi diretor de 1929 a 1930, quando o jornal foi empastelado com o movimento revolucionário que depôs o presidente Washington Luís. Foi ainda redator-chefe da Folha da Manhã e, afinal, crítico literário dos Diários Associados. Dirigiu, com outros escritores, as revistas Klaxon e Política.
Com Guilherme de Almeida, Menotti del Picchia, René Thiollier e Oswald de Andrade, tomou parte na Semana de Arte Moderna, fazendo pelos jornais o estudo crítico do Modernismo. Depois, com Cassiano Ricardo e Menotti del Picchia, promoveu o Movimento Verde-Amarelo, que procurava imprimir novos rumos à literatura brasileira. Tendo por alguns anos feito crítica impressionista (as Notas de um constante leitor foram publicadas originalmente no Diário de São Paulo e no Correio Paulistano), reagiu sempre contra o excesso de naturalismo no romance e o formalismo parnasiano na poesia. Seu estudo crítico do Modernismo constitui páginas válidas até o presente momento.
Na política, logo após a formatura em Direito, Cândido Mota Filho foi eleito juiz de paz no bairro paulistano de Santa Cecília e fez parte de diretórios do Partido Republicano. Depois de 1930, fundou, com Alcântara Machado, Abelardo César e Alarico Caiuby, a Ação Nacional do P.R.P., com programa inspirado no pensamento de Alberto Torres. Foi oficial de gabinete do Secretário da Agricultura no Governo Altino Arantes, em São Paulo e, em 1933, do Prefeito da Capital paulista. Foi também deputado estadual pelo Partido Constitucionalista, fazendo parte da Constituinte paulista.
Participou da Revolução Constitucionalista, no gabinete do Governador Pedro de Toledo, juntamente com Cassiano Ricardo e Menotti del Picchia. Em 1934, com Antônio de Alcântara Machado, integrou o Escritório Técnico da bancada paulista, destinado a coordenar os dados para a elaboração da Constituição Federal. Durante o Estado Novo, sucedeu a Cassiano Ricardo no Departamento de Imprensa e Propaganda e, após o período de adaptação constitucional, foi chefe de gabinete do Ministro Honório Monteiro e, a seguir, Ministro do Trabalho do Governo Gaspar Dutra. Depois da morte de Getúlio Vargas, com o Governo Café Filho, ocupou o cargo de Ministro da Educação e Cultura. Foi presidente nacional do Partido Republicano, sucedendo a Artur Bernardes.
Como advogado e professor, Cândido Mota Filho exerceu numerosos cargos: advogado do Patronato Agrícola do Estado; advogado da Prefeitura Municipal de São Paulo; professor no Ginásio Artur Mota e no Ginásio Ipiranga; professor de História, no Curso Pré-Jurídico da Faculdade de Direito de São Paulo; de Antropologia Filosófica, no curso promovido pela universidade fundada por Antônio Picarolo, livre-docente de Direito Penal e professor catedrático de Direito Constitucional, na Faculdade de Direito de São Paulo; Doutor Honoris Causa da Universidade de Porto Alegre e, finalmente, ministro do Supremo Tribunal Federal, do qual foi vice-presidente.
Foi, também, presidente do Tribunal Superior Eleitoral. Além disso, Cândido Mota Filho foi diretor do Serviço de Proteção a Menores de São Paulo; presidente da Sociedade Brasileira de Psicologia (1936); diretor da Sociedade Paulista de Psicanálise (1928); vice-presidente da Sociedade Brasileira de Filosofia; presidente de honra do Instituto Cultural Brasil-Alemanha; membro da Academia de Belas Artes e da Academia Paulista de Letras, e presidente da Associação Nacional de Escritores.
Foi membro da Academia Brasiliense de Letras; do Instituto dos Advogados do Brasil; do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro; da União Brasileira de Escritores; do Conselho Técnico de Economia, Sociologia, Política e Finanças da Federação do Comércio de São Paulo, do Pen Clube do Brasil e de São Paulo; Professor Honoris Causa da Universidade de Porto Alegre e Professor Emérito da Faculdade de Direito da Universidade de São Paulo.
Casado com d. Elza Lichtenfels Mota, Cândido Mota Filho deixou cinco filhos: Nelson Cândido, Paulo, Cândido Geraldo, Flávio e Maria Teresa.