Construido em 1860, por iniciativa da benfeitora Dona Escholástica Maria Lisboa para substituir o antigo local com mais de 90 anos, recebeu o nome de Cemitério de Santo Antônio, nome do santo que dava nome à atual Rua Manoel de Macedo.

Em 1933, a administração do cemitério passou a ser feita pela Prefeitura do antigo Distrito Federal, época em que o pintor Pedro Bruno fora designado pelo Prefeito Dr. Pedro Ernesto, para ser o ZELADOR ARTÍSTICO DO CEMITÉRIO, "cargo não remunerado e que o artista exerceu magistralmente, transformando o local num verdadeiro recanto de arte, como fez com toda a ilha." No local da antiga casa de Dona Escholástica construiu a Capela do Cemitério, totalmente de pedras. Também são de Pedro Bruno os projetos do muro frontal, do Cruzeiro, da Casa da Administração e do Mausoléu da Marinha, em homenagem aos soldados mortos na Revolta da Armada de 1893.

Nunca foram permitidos mausoléus, nem outros tipos de ostentações que pudessem fazer separação entre pobres e ricos e, assim, todas as sepulturas igualavam-se pelos mesmos padrões de simplicidade. Ao lado do cemitério dos humanos encontra-se outra obra de Pedro Bruno, o igualmente famoso e exclusivo Cemitério dos Pássaros.